История строительства и служебной деятельности 13-го полка берет свое начало в бурных 20-х годах прошлого века. Только что закончилась братоубийственная Гражданская война, и страна приступала к мирному социалистическому строительству.
Однако для воинов-чекистов переход к мирной жизни по-прежнему оставался пока ещё призрачной мечтой. В Среднеазиатских республиках продолжали орудовать многочисленные басмаческие банды, отличавшиеся исключительным изуверством, жестокостью и фанатизмом. Встав на путь массового террора, басмачи убивали представителей власти, милиции и даже простых дехкан, не желавших сотрудничать с головорезами.
В 1922 году на территории Казахстана с целью активизации борьбы с бандитизмом и противодействия басмаческому террору формируются несколько кавалерийских дивизионов войск ГПУ. Один из них — 84-й отдельный — размещается в будущей столице Казахской АССР и получает наименование — Алма-Атинский.
Уже с первых дней воины-чекисты принимают активное участие в разгроме басмаческих банд, бесчинствующих в прикаспийских степях. Одна из самых показательных операций дивизиона — успешная ликвидация банды крупного бая Арсекова. С помощью умело реализованной оперативной комбинации, бойцам-чекистам удалось заманить в ловушку всю верхушку банды вместе с её главарем и взять их без единого выстрела.
В 1929 году в стране провозглашается политика сплошной коллективизации на селе. Одновременно разворачивается массовая кампания по “ликвидации кулачества как класса”. Но силовое насаждение колхозов вызывает у немалой части населения недовольство, которое в результате выливается в стихийные восстания крестьян.
Перегибы в коллективизации умело используют в своих целях ушедшие за кордон главари басмаческого движения. Они осуществляют массовые вооруженные прорывы через границу с целью дестабилизации обстановки и срыва социалистических преобразований в Среднеазиатском регионе. Действия басмачей принимают угрожающие масштабы. Тогда в 1931 году принимается решение сформировать несколько мобильных оперативных полков, способных в корне переломить ситуацию и в короткий срок покончить с бандитизмом.
Уже в июне того же года в Алма-Ате на базе 84-го кавдивизиона спешно формируется 13-й кавалерийский полк с подчинением Управлению погранохраны и войск Полномочного представительства ОГПУ в Казахстане. Это была полнокровная боевая единица, включавшая в себя стрелковый, сабельный и пулеметно-сабельный дивизионы, а также бронедивизион и артиллерийскую батарею.
В кратчайшие сроки полк был отмобилизован и приведен в состояние высокой боевой готовности. Уже в следующем году его личный состав показал отличные результаты на первых окружных манёврах войск ОГПУ: кавподразделения части успешно совершили тысячекилометровый марш-бросок через пески и горы, а бронеавтомобили без поломок прошли по бездорожью около двух тысяч километров.
Полномочный представитель ОГПУ в Казахской АССР Каруцкий в приказе от 10 ноября 1932 года, изданном по итогам манёвров, с удовлетворением отмечал в лучшую сторону именно 13-й кавполк: “Проведенные манёвры выявили высокое политико-моральное состояние личного состава... и способность переносить трудности и лишения походной жизни, применительно к боевой обстановке”.
В апреле 1934 года полк переформировывается из кавалерийского в мотомеханизированный. Его организационная структура в основном остаётся прежней, с той лишь разницей, что бронедивизион усиливается танкетками и переименовывается в бронетанковый дивизион. Также в состав полка вводится взвод станковых пулеметов и расширяется автотранспортный парк — для оперативной переброски мотопехоты. Местом постоянной дислокации полка долгие годы являлся военный лагерь Каскелен в пригороде Алма-Аты.
В мае 1936 года полк посетила высокая комиссия центрального аппарата НКВД СССР. Строгих московских проверяющих возглавлял главный инспектор по пограничной и внутренней охране и рабоче-крестьянской милиции комиссар госбезопасности 3-го ранга Н.Быстрых. В 1931 — 1933 годах он был начальником войск ОГПУ страны и хорошо знал состояние дел в региональных войсковых управлениях и частях. Но даже такой искушенный инспектор не нашел у алмаатинцев серьёзных недостатков и остался весьма удовлетворен высоким уровнем боевой подготовки личного состава, отметив при этом “хорошую работу командования и штаба полка”.