За мужество и героизм, проявленные бойцами и командирами 69-й бригады войск НКВД, более пятидесяти человек было награждено орденами и медалями. А полковник А.Мельников Указом Президиума Верховного Совета СССР от 12 апреля 1942 года за умелую организацию героической обороны Тулы был удостоен ордена Красного Знамени. Особый акцент в его наградном листе делался на следующем: “В первые дни обороны, 29 октября — 2 ноября, когда танки противника почти непрерывно атаковали нашу оборону и для захвата города были брошены группа Гудериана и части СС — полк “Великая Германия”, город обороняли только части полковника Мельникова... 69-я бригада войск НКВД под командованием полковника Мельникова своими боевыми делами заслужила славу геройской защитницы г.Тулы, под стенами которой начался разгром врага”. Позже за подобные подвиги давали Золотую Звезду Героя, но в 41-м, когда Красной Армии приходилось обороняться, были другие критерии оценок боевых заслуг — ограничивались более скромными наградами...

В конце 1941 года неожиданно для Мельникова состоялось его назначение в глубокий тыл — в Куйбышев. Это теперь известно, что из Москвы в город на Волге должно было эвакуироваться все партийное и советское руководство страны. А тогда планировавшееся перемещение государственных управленческих структур в глубокий тыл являлось огромной государственной тайной.

В Куйбышев к тому времени уже перебрались многие важные государственные учреждения и некоторые наркоматы. Для Сталина и его ближайшего окружения в центре города с соблюдением строжайшей секретности спешно строился подземный бункер. Город переводился на особое положение: с целью сохранения тайны государственной важности сюда перебрасывались дополнительные силы оперативных служб НКВД. Также особое значение придавалось охране железнодорожной магистрали Москва — Куйбышев, по которой по напряжённому графику курсировали литерные пассажирские и грузовые составы. С этой целью была сформирована 33-я дивизия войск НКВД по охране железнодорожных сооружений. Командиром этого соединения с личного согласия наркома внутренних дел Л.Берии, а также с учетом прежнего служебного и боевого опыта и был назначен полковник А.Мельников.

Из передовой статьи, опубликованной в многотиражной газете 33-й дивизии войск НКВД от 21 августа 1944 года, посвященной 50-летию комдива А.Мельникова: “Охраняя народнохозяйственные грузы и железнодорожные сооружения, мы гордимся ветераном трех войн, генералом, который не раз встречался лицом к лицу со смертью, отдавшим 30 лет своей жизни служению интересам Родины на посту воина-чекиста”. Части дивизии брали под неусыпную охрану все важные железнодорожные сооружения, находившиеся на магистрали от Москвы до Куйбышева, — мосты, депо, водокачки, круги для разворота паровозов, а также важные объекты областного центра. Караулы и войсковые наряды постоянно сопровождали пассажирские и грузовые составы. Перед воинами-чекистами ставилась задача не только не допустить несанкционированного проникновения на охраняемые объекты, но, образно говоря, чтобы мышь не могла проскочить незамеченной в город.

Кроме того, в самом Куйбышеве Мельникову пришлось выполнять функции не совсем обычные. В городе образовался значительный гарнизон войск НКВД, в связи с чем возникли проблемы с соблюдением должного воинского порядка военнослужащими в васильковых чекистских фуражках, которые нередко игнорировали требования общевойскового гарнизонного командования. Необходимо было призвать нарушителей воинской дисциплины к порядку. Мельникова приказом НКВД за подписью самого Берии назначили заместителем начальника Куйбышевского гарнизона по войскам НКВД. Нарушителей воинской дисциплины сразу поубавилось.